בשנת 1919, לאחר מות אהרן, החלו רבקה ואלכסנדר אהרנסון להגות באופן בו יוכלו להנציח את מחתרת ניל"י, את חבריה ופועלם ואת משפחת אהרנסון. הם הבינו שזו אחריותם וראו בכך מפעל חיים. אלכסנדר אהרנסון כתב ספרים ורשימות רבות. הוא נפטר בשנת 1948, ולא זכה לראות את בית אהרנסון מוזיאון ניל"י.

בשנת 1954 החליטו רבקה אהרנסון ויורם אפרתי, מנהל בית אהרנסון, בנו של דוד סוקולוביץ', חבר ניל"י, להקים מוזיאון להנצחת מחתרת ניל"י ומשפחת אהרנסון. המוזיאון ניבנה בחצר בית אהרנסון במקום בו עמד לפנים בית אשר באחד מחדריו נישמר אוסף הצמחים של אהרן אהרנסון. אוסף זה היה הגדול והעשיר מסוגו באזור כולו.

בשנת  1956 ניפתח המוזיאון לקהל הרחב. המבנה החדש כלל תצוגה מוזיאלית, ספרייה, ארכיון ואודיטוריום. כמו כן, יכלו המבקרים להיכנס לביתו של אהרן אהרנסון.

הקמת המוזיאון

רבקה אהרנסון: "השארנו את הכל כמו שהיה כדי שיבואו, יראו ויזכרו. ריכזנו לכאן את כל החומר על ניל"י, כל מה שהצלחנו להציל אחרי המלחמה: תעודות, יומנים, רשימות, מכתבים, אוספיו של אהרון, העשבייה שלו, רשימות מחקריו, שיריו של אבשלום, תמונות, מכתבי הוקרה של השלטונות הבריטיים על פעולות ניל"י, אותות הצטיינות – הכל כאן במוזיאון ניל"י. (מתוך הספר שרה גיבורת ניל"י מאת דבורה עומר)

רבקה אהרנסון נהגה לפגוש את המבקרים הרבים ולספר להם את זיכרונותיה. רבקה התרגשה מאוד, עד כדי דמעות, כאשר קבוצות חיילים הגיעו לבקר במוזיאון ואמרה: "הללויה, עם ישראל חי".

לאחר פטירתה של  רבקה אהרנסון בשנת 1981, הותאם בית המשפחה והחל משנת 1985 יכולים המבקרים הרבים להיכנס גם לבית המשפחה, אשר ניצב על תכולתו בדיוק כפי שהיה בימים בהם חיו בו בני משפחת אהרנסון.

מדברי רבקה אהרנסון, בשנת 1961, במבוא לספר "ניל"י – תולדותיה של העזה מדינית":

"לידתו של ספר זה, אשר פרקים רבים ממנו נרקמו והתרחשו בבית אבא בזכרון יעקב, חלה בשנת 1915. אנשי ניל"י פעלו כשרגליהם עומדות באש ובדם, ובעיניהם של קצרי ראות נראו כהרפתקנים. בצל עץ התלייה התורכי, ביישוב עברי שחשש ליטול את גורלו בידיו, חתרה קבוצה קטנה של צעירים נועזים לקדם את פני הבאות. מדעת ,או שלא מדעת, להטו באותה אש, שהביאה את אבותיהם מגולת רומניה ורוסיה לגבעות השומרון. כשנעלם אחי אהרן לנצח, הוכינו לא רק מכת כאב עמוק, אלא שרויים היינו בחשש מדאיג שמא לא נותר דבר מפועלו……

אנו הנותרים, אחי אלכסנדר ואני, התחלנו מחדש, קיבצנו את המסמכים המדעיים – העשבייה, חלק מן הספרייה ועוד – שנתגלו וניצלו מכיליון, ולאט לאט נערמו הכתובים: יומנים, מאמרים, חליפת מכתבים עצומה – מאז שנת 1896 – רשימות דו"חות שנרשמו בשעתם בידי אנשי ניל"י בעוד חוויתם רעננה. עם שחרור הארץ הם רוכזו לארכיון בביתנו בזכרון יעקב…….

לא אוכל שלא לציין את התקופות והתמורות שחלו בקרב ציבורנו ביחסו לניל"י ולפועלה. עם כיבוש הארץ בידי הבריטים נזדרזו עסקנים ומושכים בעט סופר לגנות את אנשי ניל"י כ"מרגלים" ו"בוגדים", ולסובבם באווירה של שנאה ובוז……

חברי ניל"י, שלא זכו להכרה בחייהם והוכתמו גם אחרי מותם, ידעו נכונה, כי הרוח שבה פעלו חיה תחיה. הם האמינו כי יום יבוא והיא תתגלה לעיני כל כמלוא זוהרה.

ב- 1929 כתב אלכסנדר אחי: "שרה, חבריה ועבודתם הקדושה אינם תלויים בזמן. האמת והנצחיות שבהם תעשינה את שלהם, בלי שנדחק את הקץ." לא דחקנו את הקץ. עתה קרענו אשנב ופתחנו פתח.

תהא מגילה זו עדות בידי הקורא, כי 'נצח ישראל לא ישקר'."

הספר "ניל"י – תולדותיה של העזה מדינית" נערך על ידי אליעזר ליבנה, ד"ר יוסף נדבה ויורם אפרתי ויצא לאור בשנת 1961.